Kontynuacja zawodowych losów specjalnego agenta FBI, Seeleya Bootha (David Boreanaz), który współpracuje z antropolog sądową, dr Temperance "Bones" Brennan (Emily Deschanel). W 11. sezonie serialu nie zabraknie kryminalnych zagadek dotyczących ludzkich szczątków.Booth i Bones rozpoczynają kolejny etap w życiu. Pozostali członkowie zespołu Jeffersonian próbują zaakceptować zmiany. Aubrey odnajduje się w nowej roli w strukturach FBI i z niecierpliwością czeka na następne sprawy.