Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.Prom Daedalus zostaje zainfekowany przez wirus komputerowy Wraith. Dr McKay i jego zespół muszą to powstrzymać przed powrotem ekspedycji z pobytu na Ziemi w siedzibie SGC. Dr Elizabeth Weir dowiaduje się, że Pentagon zamierza wysłać pułkownika Caldwella na miejsce Shepparda.